Par Benjamin Vincent, 9 juin 2020

Février 2020. Un nouveau virus touche la France. Le ministère redoute des conséquences économiques majeures, avant d’imposer le confinement des premiers cas. Mortel et très contagieux, le virus menace de se répandre sur la planète entière… on parle bien sûr du virus de la tomate !

Vous ne pensiez pas que les virus étaient seulement une affaire d’humain ? En fait, ce serait plutôt l’inverse. Parmi les 3600 espèces de virus qui nous sont connues, seules 129 sont pathogènes pour l’homme, et 1210 sont nuisibles aux plantes ! Cette réalité, les agriculteurs la connaissent bien. Chaque année, entre 20 % et 40 % des récoltes sont perdues pour cause de maladie (causée soit par des champignons, soit des bactéries, soit des virus). Montant de la facture estimée : 220 milliards de dollars. 

Les virus, qu’est ce que c’est ?

Concrètement, un virus, c’est un morceau d’ADN qui se balade dans la nature. Sur ce schéma de base, il existe plein de variations. Des petits virus, des gros virus, et même des virus géants ; des virus qui infectent les plantes, les animaux, les bactéries, et même, des virus qui infectent d’autres virus… Mais d’ailleurs, pourquoi le virus doit-il « infecter » quelque chose ?

C’est que le virus a ce petit problème… Il n’a pas de métabolisme. C’est-à-dire qu’il ne peut pas se reproduire, à moins que : à moins qu’il entre, par effraction, dans une cellule existante, et qu’il profite de son métabolisme à elle ! Ainsi, jusqu’à ce que la cellule s’autodétruise (c’est son mécanisme de défense), le fieffé virus pourra faire des petits, qui s’en iront trouver d’autres cellules, et ainsi de suite. Bref, c’est du terrorisme. Du détournement de cellule.

Dans la communauté scientifique, il y a toujours débat pour savoir si le virus est un être vivant ou non. Question de définition. Mais ceux qui le considèrent comme un être vivant le décrivent comme un parasite, ou comme un prédateur… au même titre que l’humain.  Ça nous fait un point commun. 

D’où viennent les virus ?

Sur ce sujet, pas de certitude absolue. Mais trois hypothèses principales sont envisagées. Il est d’ailleurs possible que les virus aient plusieurs origines — et donc, que plusieurs hypothèses soient vraies en même temps.

1) Les virus constituent la quatrième branche du vivant et nous partageons un ancêtre commun — ce qui fait d’eux, littéralement, nos lointains cousins. Bien sûr, cet ancêtre est très ancien. Trois milliards d’années au moins. Il barbotait sûrement dans la soupe primordiale, cet océan très chaud, bouillonnant d’activité chimique, qui recouvrait alors toute la surface de la Terre. C’est là, dans cette étrange potage, que serait apparue la vie.

2) Les virus seraient des morceaux d’ADN « échappés » de certaines cellules, peut-être des bactéries.

3) Les virus étaient, au départ, des micro-organismes parasites. Mais au cours de l’évolution, ils auraient progressivement perdu leur métabolisme en se simplifiant à l’extrême.

Pourquoi les virus sont-ils vraiment cools, en fait ?

Nous l’avons dit : la grande majorité des virus ne causent pas de maladies. Certains sont même bénéfiques. Saviez-vous qu’au moment même où vous lisez cet article, il se trouve au moins un virus dans votre corps ? Et même, au moins deux ? Et même, en moyenne, au moins trois mille milliards ? On appelle ça le virobiote. Pour la plupart, ces virus attaquent des bactéries et contribuent donc à réguler votre flore interne. En fait, chez l’humain, virus et bactéries sont présents en proportions égales. Sans virus, notre corps serait complètement débordé…

Et si notre corps est un écosystème en équilibre, les mers en sont un autre. On estime qu’elles contiennent environ 10³⁰ virus (un 10 suivi de 30 zéros). Cela signifie que dans un millilitre d’eau de mer, on trouve 10 millions de virus ! Rien que ça. Et ces virus font un sacré job : en régulant les populations d’organismes vivants (poissons, bactéries, phytoplancton), ils maintiennent le fragile équilibre du monde aquatique… Quand on sait que les océans absorbent environ 30 % des émissions humaines en C02, on peut dire, sans trop s’avancer, que les virus luttent pour le climat.

Mais ce n’est pas tout ! Saviez-vous que les virus jouaient un rôle majeur dans l’évolution du vivant ? Car en passant de cellules en cellules, il leur arrive de piquer certains gènes (les forbans) et de les oublier ailleurs, plus loin, dans d’autres cellules, voir d’autres organismes… Ainsi, les virus contribuent au brassage génétique des populations animales et végétales. Parfois, même, ce sont des morceaux de leur propre ADN qu’ils laissent derrière eux. Et comme les virus ont co-évolué avec nous sur des millions d’années, les effets cumulés sont tout à fait conséquents, puisqu’on estime que 8 % de notre génome vient en fait des virus. 

Récapitulons. Les virus régulent notre flore. Ils luttent pour le climat. Ils constituent même littéralement une partie de nous-même… Et puis quoi encore ? Ils guérissent du cancer, hein ? Bah… pourquoi pas ?

C’est une piste thérapeutique très sérieuse, envisagée depuis un siècle au moins, et qui monte en puissance depuis quelques années… L’idée ? Utiliser des virus dits « oncolytiques », c’est-à-dire, des virus qui ciblent spécifiquement les cellules tumorales. La propriété « oncolytique » peut se trouver naturellement dans le virus, ou bien elle peut être ajoutée de manière artificielle. En général, le virus sera légèrement modifié en laboratoire afin qu’il ne présente aucun danger pour le patient (c’est le même principe pour les vaccins). Les premiers résultats sont jugés impressionnants, par exemple sur la guérison des mélanomes.

En quoi les virus des plantes sont-ils différents ?

Les virus évoluent avec leurs « proies ». Et comme les végétaux sont biologiquement très différents des animaux (différentes protéines, différentes enveloppes cellulaires, etc.), deux types de virus se sont développés, chacun de leur côté. Ainsi, les virus du végétal ne peuvent pas contaminer les animaux, et inversement. Ce sont deux mondes séparés. 

Les virus du monde végétal sont appelés phytovirus, et comme tous les virus, ils désirent se propager. Mais les plantes, dans leur genre, ne sont pas très mobiles. Alors comment faire ?

Certains phytovirus se transmettent par simple contact, par exemple quand deux branches se frottent. Mais les phytovirus préfèrent généralement utiliser des vecteurs, c’est-à-dire, des animaux (insectes, acariens, rongeurs) comme moyens de transport sur de longues distances… Et pour réussir leur coup, les phytovirus ont plus d’un tour dans leur sac !

Par exemple, la jaunisse du navet (TuYV) modifie la composition chimique de la plante, la rendant plus appétissante et plus goûtue. Les pucerons tomberont dans le piège et s’en iront contaminer d’autres malheureux légumes… On retrouvera la même technique chez la mosaïque du concombre (CMV) : les plantes infectées produisent des substances volatiles irrésistibles au nez des insectes… Plus dingue encore, la jaunisse nanisante de l’orge (BYDV) peut manipuler le comportement du puceron ! Quand il ne porte pas le virus, il se sent naturellement attiré par les plantes infectées. Mais une fois qu’il porte le virus en lui, il se met à préférer les plantes saines. De quoi contaminer un champ tout entier en un minimum de temps…

Dernière particularité des phytovirus : quand ils contaminent une plante, c’est fichu pour elle, car les végétaux ne possèdent pas de systèmes immunitaires… Rapidement, tous les organes seront touchés, des feuilles jusqu’aux racines. Par définition, donc, une plante est incurable.

L’agriculteur face aux phytovirus : quelles stratégies ?

Qu’il soit céréalier, maraîcher ou pépiniériste, l’agriculteur dispose d’une panoplie d’actions pour lutter contre les virus… Les voici. Prenez-en de la graine : ça marche aussi dans les jardins et les potagers de maison.

En amont, les méthodes préventives :

1) Faire de la sélection variétale pour ne garder que les végétaux les plus résistants. C’est aussi le but recherché par de nombreux végétaux OGM.

2) Surveiller de près les plants et les semences que l’on achète (ils pourraient arriver déjà contaminés).

3) Par contre, impossible de développer des vaccins, car nous l’avons dit : les plantes ne possèdent pas d’anticorps.

En aval, les méthodes de lutte :

1) La thermothérapie, qui consiste à chauffer les plantes pour y détruire les virus. C’est exactement le même principe que la fièvre chez les animaux ! Cette technique est notamment utilisée sur les fraisiers et les vignes.

2) Le confinement sous serre des plantes malades.

3) La désinfection des serres.

4) La destruction des plantes. Malheureusement, c’est cette solution qui reste privilégiée dans l’immense majorité des cas.

Faut-il craindre des pandémies végétales ?

Si notre connaissance des phytovirus augmente, les inquiétudes, elles, ne diminuent pas… En effet, le réchauffement climatique, l’augmentation des échanges commerciaux (notamment de plantes et de graines), la perte de biodiversité dans les champs, et la pratique d’une agriculture intensive préparent un terreau favorable aux futures épidémies. En quelques années, la menace a déjà doublé. Philippe Reignault, chercheur à l’Anses, n’est pas très optimiste. Il affirme qu’en quelques mois, nous sommes passés de trois sujets de préoccupation majeure à six. Le pire serait donc à venir. On entend d’ici le monde végétal trembler comme une feuille…

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Merci <3 <3 à Lygie Harmand pour ses illustrations.

Et merci à Lucile Jourdain-Fievet, biologiste, pour ses conseils et sa relecture.